口腔潰瘍的病因比較複雜，許多不相同的病因，引起了相同的口腔潰瘍表現。臨牀上常根據不同誘因，分別作出治療，以達到治癒目的。在家庭中也應考慮口腔潰瘍的病因總結治療經驗，或在醫生指導下獲得治療效果。
口服維生素B/C可增進機體的抵抗力，有助於潰瘍癒合。
疼痛明顯，潰瘍較多，間歇期較短的可試用左旋咪唑，轉移因子或胸腺素等免疫調節藥物治療，亦可使用糖皮質激素，如強的鬆治療。此外，全身其他治療也很重要，如給予鎮靜、安眠、調節神經及消化道功能的藥物。發病時應避免吃刺激性食物，最好戒菸、酒等。
在潰瘍上塗擦止痛、消炎的藥物，可防止繼發感染，減輕症狀。
如用5%金黴素魚肝油糊劑；1%氯化可的鬆或強的鬆糊劑；中成藥如冰硼散、錫類散、養陰生肌散等，均可選擇使用。但不宜用石炭酸類或硝酸類銀燒灼潰瘍，以免損傷健康的組織。
