治療腹瀉，是否止瀉要根據病因。腹瀉有感染性與非感染性之分，感染性腹瀉是由細菌病毒、真菌、寄生蟲等病原體引起，如菌痢、細菌性食物中毒、病毒性腸炎等；非感染性腹瀉常見於受涼、消化不良、胃腸功能紊亂及甲亢、糖尿病、尿毒症等全身性疾病。感染性腹瀉是人體自我保護的一種體現，藉此可排泄掉一部分病菌及毒素，對人體有益，如果盲目止瀉，對病情轉歸反而不利。原則上講，止瀉藥只適用於非感染性腹瀉，而感染性腹瀉一般不用，尤其是在急性期，有中毒症狀（高燒）較明顯，膿血便較多時，應視爲止瀉劑的絕對禁忌，到了恢復期，病情明顯好轉，大便不帶膿血，僅是水分較多時，也可短時服用止瀉劑。
其次要注意腹瀉的機理不同，用藥也不同。如果是腸蠕動增快所致，如甲亢、糖尿病、胃腸功能紊亂等，應首選腸蠕動抑制劑，以延長腸內容物滯留時間，利於水分吸收而止瀉；如果是由腸粘膜分泌增加引起的腹瀉，如霍亂、細菌性食物中毒等，可以選擇收斂劑、吸附劑，通過抑制腸粘膜分泌及吸附有害毒素而起到止瀉作用。如果是由於粘膜炎症及潰瘍導致滲出增加引起的腹瀉，可選擇粘膜保護劑以保護粘膜，吸附和清除細菌、病毒及毒素。因腸道內菌羣引起的嬰幼兒腹瀉及抗生素相關性腹瀉，應該首選微生態製劑，通過補充腸道益生菌，恢復腸道內生態平衡，起到調整胃腸道功能及止瀉之功效。有些腹瀉並非單一因素所致，則宜酌情聯合用藥。
第三，止瀉只是一種對症治療，病因治療纔是根本。因此止瀉補液的同時，切勿忽視原發病的治療。如果是感染性腹瀉，應選用敏感抗生素控制感染，如果是消化不良所致，應從調理飲食入手，如果是胃腸功能紊亂引起的，可選擇調節植物神神經功能的藥物及鎮靜劑等等。
止瀉劑服用過量，可引起腹脹、便祕假性腸梗阻。感染性腹瀉服用止瀉劑，可掩蓋病情，影響醫生診斷。菌痢病人服用止瀉劑常影響腸道對細菌及毒素的排泄，使毒血癥狀加重，病程延長。潰瘍性結腸炎急性期用止瀉劑，可誘發中毒性巨結腸穿孔。此外，複方苯乙哌啶、可待因等含有麻醉成份，長期服用可以成癮。
