手足口病屬於中醫學“溼溫”範疇。早期干預，可有效防止併發症的發生。中醫在防治上重點強調調理中焦脾胃，使脾胃功能運化如常，即便感受外邪，也很快可以被機體正氣驅逐於體外。
在應用中藥預防手足口病方面，家長可用板藍根或金銀花、蒲公英等清熱解毒的中藥煎水，給小孩服用預防感染。出現牙齦紅腫者，可用板藍根、黃芩、白蘚片、竹葉、薄荷煎水含漱。對於口裏長皰疹、有潰瘍、口氣臭的孩子，可用藿香、生石膏、淡竹葉煎水飲用，可清心火；選用西瓜霜或冰硼散、珠黃散一種，吹敷口腔患處，每日2次，可治療口咽部皰疹。
如果孩子手足出現皰疹，則可採用外洗法，用野菊花、紫草、地膚子、苦蔘、黃芩、黃連、丹皮、板藍根、白蘚片、紅花等煮沸，冷卻至適中溫度時浸泡手足，以起到清熱、化溼、涼血的作用。此外，還可採用中藥食療的方法加以預防。如荷葉粥，用鮮荷葉2張，白米50克，將荷葉切碎，煮粥食用；竹葉粥，用竹葉20片，燈芯10根，扁豆15克，滑石6克，加少許糖，煎飲用；還有印花蟬衣飲，用印花15克，蟬衣3克，清茶少許，煎水飲。對於食慾不振的孩子還可在燈芯花方子裏增加麥芽，以開胃。
特別需要注意的是，飯前便後、外出後要用肥皂或洗手液等給兒童洗手，不要讓兒童喝生水、吃生冷食物，避免接觸患病兒童；看護人接觸兒童前，替幼童更換尿布、處理糞便後均要洗手，並妥善處理污物；嬰幼兒使用的奶瓶、奶嘴使用前後應充分清洗。
