西藥治療小兒手足口病：
1.靜滴藥物
阿昔洛韋爲一種無環的嘌呤核苷酸類似物，其抗病毒作用爲藥物進入皰疹病毒感染的細胞抑制病毒複製。作爲一種高效廣譜的抗病毒藥物，它具有明顯縮短髮熱及皮損癒合時間，減輕口腔皰疹疼痛，且在治療期間未見任何副反應。
更昔洛韋又名丙氧鳥苷，是繼阿昔洛韋之後新開發的廣譜核苷類抗病毒藥物。抗病毒作用與阿昔洛韋類似，治療手足口病中熱退及皰疹消退的時間顯著短於利巴韋林，但其對骨髓的抑制作用及遠期毒副作用尚不明確。
利巴韋林作爲抗病毒的常用藥，治療小兒手足口病療效肯定，副反應是罕見的出汗，食慾不振及低血糖等。研究表明使用利巴韋林注射液聯合更昔洛韋治療小兒手足口病效果優於單獨使用上述任一種藥物。
2.干擾素
干擾素作爲一種強有力的抗病毒製劑，對多種病毒感染性疾病有明顯療效，已廣泛應用於臨牀。足量應用干擾素能提高機體的細胞免疫力，達到抑制病毒、促進機體康復目的。干擾素聯合中藥製劑如小兒清熱寧治療手足口病具有明顯療效。
3.外用藥物
對於手足口病的患兒特別是口腔潰瘍嚴重的患兒，以適量思密達用溫開水攪成糊狀，4次/d，分別於早、午、晚飯後及睡前塗於口腔潰瘍局部，可明顯縮短小兒口腔潰瘍的癒合時間，未出現明顯毒副作用。
中藥方劑治療小兒手足口病：
中醫藥治療小兒手足口病，根據患兒的病情輕重而對症下藥。
病情一：心脾積熱，發熱，無汗，手足口出現皰疹，口舌皰疹色暗紅，疼痛不劇，腹脹，納差，大便正常或稍溏，舌暗紅，苔白膩或稍黃膩。
小兒手足口病中醫治法：清熱解毒化溼
方藥：大黃黃連瀉心湯加減
藥物：大黃3克，黃芩6克，黃連3克，五倍子6克，薄荷6克，水煎50毫升，分2次服。
病情二：溼熱交阻，發熱，無汗，手足口出現皰疹，口舌皰疹色暗紅，疼痛不劇，腹脹，納差，大便正常或稍溏，舌暗紅，苔白膩或稍黃膩。
小兒手足口病中醫治法：辛開苦降，清熱化溼解毒
方藥：甘草瀉心湯加減
藥物：生甘草10克，半夏6克，黃芩6克，黃連2克，乾薑3克，柴胡10克，藿香6克，水煎50毫升，分2次服。
病情三：中樞神經系統感染，發熱、皮疹，高熱，無汗，煩躁，嗜睡，煩躁，易驚，或伴肢體痿軟、癱瘓，舌紅，苔白膩或黃膩。
小兒手足口病中醫治法：清熱化溼，鎮肝熄風
方藥：風引湯加減
藥物：大黃3克，生石膏20克，寒水石10克，滑石10克（包煎），赤石脂10克，白石脂10克，紫石英10克，生牡蠣10克，生龍骨10克，乾薑3克，桂枝6克，甘草3克，水煎50毫升，分2次服。小兒手足口病的治療還需根據病情對症用藥，西醫主要用抗病毒藥物來抑制病毒複製，而中草藥以清熱解毒化瘀爲主要治療原則，從臨牀報告來看，兩種治療手段都可以到達療效。何種治療方案最佳，還需根據病情謹遵遺囑。
