細菌感染
如果是吃了類似於有嚴重細菌感染的食物中毒之後，最大的後遺症就是會使得患者的腸胃長期處在細菌感染的狀態下，會出現長期腹脹腹瀉等症狀，如果這些細菌沒有得到及時的根除，甚至還會使得患者出現胃部潰瘍或者是消化道潰瘍。所以食物中毒有所好轉之後，詳細的身體檢查也是必不可少的。
內分泌紊亂
孩子食物中毒之後會對神經中樞系統造成損傷，尤其是吃一些有毒的蘑菇之後，對於神經和中樞系統的這種破壞性是無法逆轉的，因此即便是患者沒有出現神志不清或者是沒有出現嘔吐等症狀，但是患者的被破壞的神經系統是沒有辦法恢復的，所以在一段時間內，患者也許會出現面部神經失調或者是內分泌紊亂的症狀。
腎臟損傷
孩子食物中毒之後會對身體的其他系統也造成一定的損傷，比如泌尿系統和腎臟，因爲腎臟是對這些毒素進行代謝的，如果毒素太多的話，很有可能會造成腎臟內有一定的殘留，對腎臟也會造成損傷。
