千百年前，湖南辰州發生瘟疫，“十室九空，新冢成林”。
州中人瞿公染病身亡，瞿母三日後追夫而去，其子瞿童（字柏庭）如苦藤墜瓜，鄉人劉五見狀，帶瞿童上船，順沅水而下，至武陵桃源山，入桃川宮學道從醫。觀主黃洞源收下瞿童，並帶至藥堂，讓其拜藥堂道人朱安爲師。
朱安爲人刁鑽，見瞿童父母雙亡，出身貧賤，令他每日晨鐘之刻到藥圃，挑水澆藥，移苗摘果。午後去武陵山中採集人蔘、菌耳、山果之類，暮鼓之時回觀，如無所獲，罰其掌燈搗鍘藥草，不到雞鳴時分，不得上牀入睡。
冬去春來，瞿童收穫圃藥多季，採回山藥無數，周身卻被師傅朱安打得遍體鱗傷。
一日傍晚，瞿童攀緣上沅江江岸菜蘿山懸崖，發現一枚異菌，透身翡翠，晶露欲滴，他剛伸手抓住菌柄，一粗若鬥桶的毒蛇，張開血口向他襲來，瞿童不知所措，順千仞石峭，骨碌下滾。
瞿童甦醒時，已躺在沅江邊一葉漁舟之上，漁翁告訴他：“幸你手握靈芝，服下半枚纔會如此。”漁翁將所剩半枚靈芝交給瞿童，此時觀中暮鼓敲響，瞿童揣好靈芝，辭謝漁翁，速速回觀。
舍船上岸，行至江溪交涇處，桃花溪橋頭，躺一白髮老者，氣息奄奄，瞿童取出半枚靈芝，忽聽耳畔隱約有漁翁之聲：“瞿童，誤時歸觀與空手而回，恐在劫難逃啊！”出家人慈悲爲懷，普度衆生，救人一性命，勝修三年行，瞿童心中立刻想起黃洞源的教誨，毅然將靈芝塞進了老者口中，頃刻，那老者睜開雙眼，仰坐起來：“多謝道童相救！”順手從頭上拔下兩根長長白髮，又從腋下掏出骨針曰：“我替你綴補脫腮鞋幫吧！”
瞿童穿好老者綴補的鞋，頓覺兩腳生風，來到觀中，司鼓道人正在打響收捶暮鼓，進得藥堂，師傅朱安正和觀外俗醫對弈，便讓瞿童生火做飯。
第二天午後，瞿童出得觀門採藥，片刻便抵一里之半的'桃林，林窮得山，山有小口，瞿童進得洞內。見有石室、石牀、石几，復前行數步。在豁然開朗的“藝圃”中，拾得一棋子，狀若小龜，光潤如玉。回觀獻之朱安，朱安卻臉若冰霜，責罵瞿童：“觀外瘟疫盛行，急需藥物治病。禍該貪圖戲物？”瞿童急忙認錯，忙去製藥房調製藥草，雄雞報曉之時，他仍汗流浹背。他想到瘟疫之中的父老鄉親，想到死亡的父母，要調製更多的藥物，去拯救民衆。
黎明時，他來到藥堂房，忽聽堂內有竊竊私語之聲，順壁縫望去，見師傅朱安正與昨日對弈俗醫偷偷進行藥物交易，朱安接下銀子，揣到懷中，才替俗醫將藥袋摟上肩頭。俗醫走後，朱安又衝了碗人蔘與菌耳，狼吞虎嚥之後，才進了臥室，瞿童見狀，只好畏縮着返回了製藥房。
道觀晨鐘響過，住持黃洞源來到製藥房，瞿童張大惺忪之眼拜見，黃洞源問：“瞿童，何要通宵達旦？”瞿童答曰：“弟子十夜不寐，能救一人性命，便足矣。”黃洞源點點頭，便讓朱安起牀，要庫中存藥，以濟疫民。朱安吱唔一陣，道藥圃人手不夠，瞿童貪玩貪睡，故而庫藥無幾。黃洞源臉色一沉，揮動拂塵，朱安衣兜之中的銀子嗖嗖落地。朱安嚇得面如土色，急忙磕頭求饒，瞿童一併下跪，願替師父贖罪。黃洞源見狀，罰朱安爲火工道人。
黃洞源召瞿童進後堂：“你師父朱安欺世貪婪，終不成正果，如今觀外妖畜作孽，血雨腥風，你去救民於瘟疫，何如？”“弟子萬死不辭。”“觀中尚有粉藥一斗，見武陵江河井渠塘池之水，均要撒藥一勺，以淨水毒。”“弟子遵命！”“不成”黃洞源又曰：“撒藥前還得用上二味藥引。”“弟子不知用何二物爲引？”“童血與童尿”。“弟子本身可取，爲了千萬生靈，不惜肝腦塗地，況嗇尿血乎？”
黃洞源拿出石龜曰：“此乃世外仙人所遺棋子，你既得之，必有所用之處，帶着下山吧！”
瞿童揹負藥袋，懷揣石龜，走出觀外，見朱安追上，道師徒情誼，苦不能一同前往，當送黃符一道，謂急難時，拆開黃符，念起咒語喏喏，定能遂願。瞿童謝之，頭頂炎熱酷暑，攀涉武陵山區，見諸水面，便割開靜脈，憋開童壺，遵住持之囑而行。
七七四十九日之後，瞿童到過武陵九千九百水井，九千九百塘池，九千九百溪渠，已是藥袋空癟，體重銳減，倒覺身輕如燕，精神抖擻。
這天傍晚，瞿童來到瀟湘“漁村夕照”之地，但見“武陵漁舟招招”，不見漁人勞作，料定漁村瘟疫甚重，他抖去最後一勺粉藥，流出最後一勺童血，憋出最後一泡童尿。頓時，江面波濤洶涌，村頭烏雲避日，瞿童雙眼飛進砂粒，不辨灘頭江面，便拆開黃符，念起咒語。
霎時，江面孽龍現形，張開血口，向他撲來：“凡塵小兒，你爲老道幫兇，在我頭上撒尿噴血，壞我好事，今日叫你碎屍萬段！”瞿童才知中了朱安之計，急中生智，掏出懷中石龜，向孽龍擲出，只聽一聲慘叫，灘頭一巨大鱉龜，斬斷了孽龍，瞿童定神一看，斷龍頭乃呈現出朱安之像。
此時，天空霞光萬道，瞿童靜了沅江之水，便回觀內向住持黃洞源覆命。
瞿童來到桃川宮前，不聞鐘鼓之聲，不見香火之光，走進觀中，但見全觀道衆染疫不起，全知妖孽臨死所爲，他轉到火房，毅然砍斷臂膀，剖開童壺，也要淨下觀中飲水之毒，他操起砍刀，一隻白鶴飛來，變爲一位白髮老者，瞿童定神一看，正是桃花溪橋頭拯救之人，老者笑曰：“不必如此，只煩你跳進水缸，洗盡全身，將淨身之水遍灑觀中，武陵便永無瘟疫了。”
瞿童問：“仙師此話當真？”老者曰：“我乃師祖東方庚星之坐騎，明朝白日時分，師祖度你成仙。”說着，又變爲白鶴飛去。
瞿童跳進水缸，頓覺周身火辣難忍，他盤坐缸中，靜心閉目，毫無聲息，一時三刻之後，缸水一片殷紅，他出得缸來，將水灑滿觀中柱樑壁窗，觀中人果然痊癒。他將此事告知住持黃洞源，黃洞源微微笑道：“你修道三年已滿，造福萬民，當成正果，師祖明日在後山度你成仙。
第二天瞿童來到觀後的古松下，正值白日升空。一朵紫雲掠過桃川宮頂，師祖按下坐騎，在瞿童頭上按挲三下，便與他同乘仙鶴而去。
送行的師兄師弟長呼短喚，瞿童實在不忍，脫下一隻鞋子作爲紀念扔了下來，正好打在松樹頂上，松樹成了禿頭老人一般。如今大松樹依然挺立山巔，記載着桃花源如此美麗的傳說，也吸引了不少仕宦與墨客。
白日飛昇的意思：道教謂人修煉得道後，白晝飛昇天界成仙，不同於尸解和虹化，也比喻一朝顯貴。
