卵巢囊腫並非是一個疾病的診斷，一般是通過超聲發現有卵巢異常，表現爲一個囊腫，超聲上看有可能是無回聲、中回聲、低迴聲、強回聲不同。
有些卵巢囊腫是生理性的，譬如卵巢每一個月都有排卵、排卵後黃體的生成，一般情況下，生理性的囊腫無需進行手術干預，如果超聲檢查發現有囊腫存在，隨診3個月經週期，大部分生理性的囊腫都會消失。這類囊腫一般在超聲上表現爲無回聲。通過一些輔助檢查也可提示是否是良性的診斷，如果正常，一般可放心。如果是在月經來之前或者絕經後在卵巢上發現無回聲的囊腫，往往是不正常的，需要警惕腫瘤的可能性，需要進行積極干預。
卵巢上如果發現有中強性質的包塊，一般是病理性的囊腫，導致病理性囊腫的原因很多，最常見的是卵巢來源的良性腫瘤，譬如卵巢成熟畸胎瘤，其它的一些譬如內膜異位症囊腫等等。無論是哪種性質的病理性囊腫均應進行手術明確診斷並干預。目前腹腔鏡手術是一種微創手術方式，可很好地對患者進行診斷和治療。術後恢復快，痛苦小。
有些卵巢囊腫，如果合併有中等回聲，並且如果提示有血流信號，那麼需要警惕惡性腫瘤的可能性。如果懷疑是惡性囊腫，不宜行腹腔鏡手術，以免導致腫瘤擴散。
