病毒性疾病，目前西藥中尚無特效藥物，一般採取對症治療和加強營養，注意休息。而板藍根則對病毒性疾病有較好的療效，常用它治療以下幾種病毒性疾病。
乙型腦炎：乙型腦炎是一種很兇險的疾病，兒童多見。有高熱不退，煩躁不安，甚則昏迷抽搐等症。可用本品2～3兩煎服，或用100%板藍根注射液4毫升，肌肉注射，每天2～3次。亦可用本品配生石膏、黃芩、全蠍等同用。本品還有預防作用，若每日用本品10克煎服，連服5天，可減少乙型腦炎的發病率。
流行性感冒：一般感冒是不會傳染的，若是病毒引起的就會傳染，稱爲“流感”。它是一種常見病，有頭痛，發熱，全身乏力痠痛等症。若治療不及時可加重病情，特別是體質虛弱者及嬰兒老人則易併發肺炎等症，危害性更大。“流感”的治療可用100%板藍根注射液2～4毫升，肌肉注射，每日2次。或用本品30克，配羌活10克，煎服。
流行性腮腺炎（即痄腮）：也是一種常見病。可見腮部紅腫疼痛，甚則頭面紅腫，咽喉腫痛，口渴煩躁，或有發熱惡寒等症。可用板藍根2~3兩煎服，配用30%板藍根溶液擦患處。
急性傳染性肝炎：用本品30克煎服，或配茵陳30克，山梔10克煎服。或用100%板藍根注射液，2～4毫升，肌肉注射，每日2次。
以上諸病還可以用板藍根沖劑治療。每服1包，每日2～3次，亦有較好療效。
另外，用本品還可治療病毒引起的心肌炎、脊髓灰質炎、暴發性紅眼病等，均有一定效果。
