有人以爲腹瀉必然是胃腸道細菌感染，因而遇到腹瀉便用抗菌藥物，如痢特靈、黃連素、四環素、卡拉黴素、慶大稱素等。其實，腹瀉未必就有細菌感染。誠然，霍亂、痢疾和一部分大腸桿菌引起的腸炎確實是細菌感染，治療時常常需要抗菌藥物。
但是，腹瀉有時是腹部受涼、過敏或嬰兒飲食增加過多所造成，這時便沒有感染存在。另外有些腹瀉，比如嬰幼兒秋冬季腹瀉，成人和大孩子夏季流行性腹瀉，和黴菌性腸炎等都不屬於通常的細菌感染。嬰幼兒秋冬季腹瀉和夏季流行性腹瀉，系病毒感染所引起，而黴菌性腸炎是由與普通各種細菌特性完全不同的一類黴菌造成。既然病因不同，治療方法就不應該完全相同，應用抗菌藥物一般也無濟於事。我們知道，通常情況下大腸裏面存在着大量細菌，它們幫助食物發酵，製造某些維生素和對抗外來細菌的侵入，因此這些細菌的存在是人體生存所必需的。發生不是因細菌原因而引起的腹瀉時，如果不恰當地用了抗菌藥物，必然會作用在人體內正常情況下存在的細菌身上，從而大量殺滅這些細菌。這樣，不僅對腹瀉沒有好處，相反還會因爲人體常在細菌的減少而發生一些問題，比如因失去正常細菌對外來致病細菌的對抗作用而發生耐藥致病細菌的感染。你看，本來用抗菌藥物想殺滅致病細菌，結果反到遭致更厲害的細菌的感染。可見，這種情況下是不需要用抗菌藥物的。
普通抗菌藥物主要作用對象還是細菌感染，對病毒一般無效。到目前爲止，對腸道內的病毒還沒有一種有效的藥物可予殺滅，因此病毒感染時用抗菌藥物治療是有損無益的。除可以導致耐藥細菌感染外，各種抗菌藥物都有各自的副作用，如噁心、嘔吐、厭食甚至影響肝、腎和造血功能，不應當用時濫用當然得不償失。
抗菌藥物長期應用本來就可造成黴菌感染，因此黴菌引起的腹瀉是不應該用抗菌藥物的，如果應用，等於火上澆油，只會加重感染，延誤病情。
