妊娠期一旦得了腎盂腎炎，必須用有效的抗菌藥物治療，當然，也應警惕對孕婦與胎兒有害的藥物。理想的藥物要求安全而有效。有些藥物對孕婦有利而對胎兒有可能不利，但爲了孕婦的治療急需，應權衡利弊酌情使用，可採用較小的有效劑量與較短的有效療程。對此，病人必須跟醫生充分合作，並應互相理解。
在有條件的醫院，用藥前孕婦必須做尿液細菌培養、菌落計數及藥物敏感試驗。
按傳統的標準，每毫升尿液菌落數達到10萬纔可診斷尿路感染，目前則認爲有症狀的患者如中段尿培養菌落計數>1萬，且是單一菌種；或出現膀胱刺激症狀且菌落計數>1千，也可考慮診斷尿路感染。
醫藥界對孕期尿路感染的藥物選擇有如下見解：
氨基糖甙類：常用的慶大黴素、丁胺卡那黴素可損害胎兒的聽神經而引起先天性耳聾，故不宜使用。
複方新諾明：在妊娠16周以前使用可能致畸胎；在產前2周使用可能引起新生兒“核黃疸”，故只適用於妊娠中期。
呋喃坦啶：一般可以使用。對個別人可引起溶血性貧血。
氨苄青黴素：對青黴素不過敏的病人，可以放心使用。
頭孢菌素類：可以使用。第一代頭孢菌素(如頭孢拉定)療效較差；第二代頭孢菌素對尿路感染的療效甚好，但對青黴素過敏者要慎用。
喹諾酮類：目前使用的第三代喹諾酮藥有氟哌酸、氟嗪酸、環丙氟哌酸和左氧氟沙星等。喹諾酮類口服使用很方便，對尿路感染的療效甚佳。由於早年以氟哌酸做動物試驗，發現其可引起幼犬和胎鼠的軟骨損害，故認爲孕婦及兒童不宜使用。但另據近年來在國內外做的動物試驗發現，試驗動物的胚胎無異常。分析原因是早年用氟哌酸做動物試驗時採用了“超劑量”。另據國內的資料，接受氟哌酸治療的患兒，在治療期和治療後，並沒有不良反應，許多患者在用藥後長期隨訪至15歲，對長骨進行x線攝片，也沒有軟骨損害的證據，故許多學者認爲，從循證醫學的角度來說，如果劑量合適，使用還是安全的。
