智力異常70%左右的孤獨症兒童智力落後，但這些兒童可能在某些方面具有較強能力，20%智力在正常範圍，約10%智力超常，多數患兒記憶力較好，尤其是在機械記憶方面。
自閉症和弱智常常連在一起。但並不是所有的自閉症兒童智商都是低下的，有個別自閉症兒童在某些領域如繪畫、計算的表現極爲出色。自閉症兒童雖然伴有全面性發育遲緩現象，但發育次序異常，且各方面發育不平衡。如：有的兒童大小便完全不能自理，卻能有很強的計算、繪畫能力；有的兒童完全沒有或只有極少的語言，卻在記憶力方面、識別顏色方面表現突出。
研究顯示許多自閉症者的智商都在70以下，有研究指出，大約有69﹪的自閉症者的智商低於55.不過，在歐洲方面，有另外的研究則樂觀指出只有44﹪的自閉症者智商在70以下，而智商在50以下的只有27﹪。
自閉症是一種廣泛發育障礙性的疾病，患自閉症的孩子通常會在語言、智力、生活技能等方面有一定的發展障礙，也就是說他們不能像普通的孩子那樣成長和生活。自閉症兒童由於社會適應性極差，人際交往的能力和主動性方面的能力遠遠低於弱智兒童，目前尚沒有準確測量自閉症兒童智商的工具。
正如一位同時教過弱智兒童和自閉症兒童的培智學校老師所體會到的：智力低下（弱智）兒童願意學，卻學不會；自閉症兒童是能學會，卻不願意學。
