自閉症的危害首先也最明顯的表現爲溝通能力的缺失，自閉症患者語言發展遲緩和有障礙，說話內容，速度，及音調異常。對語言理解和非語言溝通有不同程度的困難。甚至欠缺口語溝通的能力。
智力異常。70%左右的智力落後，不過也有10%智力超常20%智力正常；感覺異常如痛覺遲鈍、對某些聲音或圖像特別的恐懼或喜好等；多數患兒有多動注意力分散發脾氣攻擊自傷等常見行爲。小兒患了自閉症，不能很好地注意事物的細節部分；重複刻板行爲，專注力差，思考方式較簡單；不能有組織及有次序地完成工作和某項任務；小兒自閉症若不及時治療，還會有併發症發生。
自閉症還會造成患者處事行爲能力的缺失，在日常生活中，自閉症患者堅持某些行事方式和程序，拒絕改變習慣和常規，並且不斷重複一些動作；自閉症兒童興趣狹窄，會極度專着於某些物件，或對物件的某些部分或某些特定形狀的物體特別感興趣。
自閉症的危害還表現在社交能力的缺失，自閉症患者對外界事物不感興趣，不大察覺別人的存在；他們與人缺乏目光接觸，不能主動與人交往，分享或參與活動；在羣處時，模仿力較弱，想象力較弱，極少通過玩具進行象徵性的遊戲活動，不能掌握社交技巧，缺乏合作性。
