治療便祕應針對病因治療。這種治療也叫基礎治療，雖然緩慢但確實有效，一般經過2～4周時間，就會打破便祕的惡性循環。有些家長見孩子便祕就用瀉藥，結果非常容易復發，還會逐步加重。
基礎治療的主要內容爲：①排便習慣訓練;②合理飲食;③足量飲水;④增加活動量;⑤心理行爲治療。
一、排便習慣訓練(DHP)：
因爲排便反射的建立是排便“技能”的系統學習過程，嬰兒期爲反射性排便，如能早期進行DHP，可較快進入意識性排便。
訓練模式及內容：便器準備：外觀引人、顏色鮮豔的器具，放置在小兒易於使用的位置，鼓勵小兒每天在便器上坐一會兒;便器應有適宜高度，使雙膝水平高於臀部，雙足應着地以便用力，並學會排便用力;時間安排一般在餐後30～60分鐘，每次5～10分鐘較適宜，避免排便時久蹲、久坐及強努而導致肛門肌疲勞。經過1周左右訓練，小兒均能按要求定時排便，減少直腸糞便瀦留。開始適宜年齡爲18個月左右，過早和過晚均影響DHP效果。
二、合理飲食：
便祕患兒的合理飲食應側重於膳食纖維(DF)的攝入。DF富含於穀類、薯類、蔬菜及水果等植物性食品中，穀類加工越精細，其所含DF越少。DF指不能被人類胃腸道消化酶所消化的，且不被人體吸收利用的多糖，主要來自植物細胞壁的複合碳水化合物，亦稱非澱粉多糖。
兒童DF需要量：美國建議兒童DF安全攝入量爲：年齡+ 5～10g，雖然需要額外增加維生素與礦物質攝入，但以上DF攝入量足以維持正常排便和預防慢性疾病。
三、足量飲水：
水的來源主要爲攝入的液體、固體食物中的水分、食物氧化及組織細胞代謝產生的水分。兒童足量飲水因年齡及體重而異。對於小兒便祕患者強調“足量飲水”，除正常飲食外，應參考飲水量約爲<1歲>13歲，300～500ml/天，並隨季節、氣溫及運動量適度調節，需觀察患兒糞便以經常排解正常軟便爲宜。
四、增加活動量：
治療小兒便祕亦應針對每例個體，通過病史瞭解其活動量，予以具體指導。鼓勵患兒養成參加各種體力活動、培養勞動習慣，可以走路的場合儘量不坐車、上下樓自己爬樓梯，每日應有2小時以上的體育鍛煉(慢跑、跳舞、游泳、跳繩)。
五、心理、行爲治療：
對有排便疼痛經歷、恐懼排便的患兒。應先予以灌腸和軟化劑解除糞便嵌塞，並進行心理疏導、撫慰以消除恐懼心理，再進行正規DHP ;對因突然驚嚇和偶爾排便過失受到過度責難，造成心理創傷導致排便異常的患兒。應創造體貼照顧的良好環境，取得患兒信任配合，消除心理創傷;便祕患兒在DHP過程可能遭遇失敗，家長應予以理解並給予心理支持，此爲小兒便祕基礎治療的重要環節之一。
以上環節缺一不可。不重視“基礎治療”而首先盲目採取藥物治療或其它治療，在醫學上叫“不全處方”，弊病很多。而在“基礎治療”的前提下，多數便祕患兒均可於短期取得滿意療效。
對於某些便祕嚴重的患兒，應在基礎治療的同時，給予藥物治療，如膨鬆劑(植物纖維、米糠製劑、滲透劑)的使用，可從腸道吸收水分軟化糞便;個別病例有腸道傳輸功能減慢或功能性出口梗阻的患兒，待確診後給予特殊藥物治療，一般治療大多數兩週內痊癒。
